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日立金属(苏州)电子有限公司于2002年投产,生产手机用天线开关模组和基站用隔离器,主要面对国外市场,除投产之初有少量一般贸易进出口外,几乎完全通过加工贸易进出口.2007年12月,苏州工业园区海关加工贸易监管处关员在下厂核查中发现,该企业分别于2007年4月和10月向日本母公司支付了38571.89元和21735.91元的商标使用费,合计60307.8元；此外,还分别于2007年2月、8月和11月向日本母公司支付了472525元、183436元和448901元的技术专利费,合计1104862元.以上共计支付商标使用费和技术专利费1165169.8元.
商标使用费和技术专利费属于特许权使用费范畴,一般来说,较多包含在一般贸易货物进口价格中,但是该企业的进出口基本通过加工贸易途径完成,出现如此大额的商标使用费和技术专利费就令人费解.经询问企业人员和调阅有关协议、合同,知道是由于日立金属(苏州)电子有限公司在2006年10月9日至2007年10月9日这段时间内,将日本母公司的专用商标(包括“HITACHI”日立商标语、日立标志、单词“Hitachi”以及“日立”中文表示法)用在了加工贸易进料加工成品的内销上；同时这些内销成品还使用了日本母公司的专有技术(即为设计、生产、销售产品而使用的有效的且必需的技术信息、技术数据、销售信息),因此才需向日本母公司支付商标使用费和技术专利费.
根据《中华人民共和国海关审定进出口货物完税价格办法》(即海关总署令第148号)第十一条第三款规定：“以成交价格为基础审查确定进口货物的完税价格时,未包括在该货物支付、应付价格中的下列费用或者价值应当计入完税价格：等(三)买方需向卖方或者有关方直接或者间接支付的特许权使用费,但是符合下列情形之一的除外：1、特许权使用费与该货物无关；2、特许权使用费的支付不构成该货物向中华人民共和国境内销售的条件.等”鉴于日立金属(苏州)电子有限公司向日本母公司支付的商标使用费和技术专利费与内销成品直接相关、且企业已实际支付,海关要求该公司就内销成品所涉及到的上述费用进行补税,企业表示接受.
由于加工贸易内销征税都是针对进口保税料件的,即使内销的是成品,也应按单耗将成品折算成实际耗用的进口料件,同时将涉及的特许权使用费合并计入进口料件的完税价格进行征税.而此前该批内销成品所耗用保税料件已征税完毕,当时的完税价格未包含以上商标使用费和技术专利费.如何将总额为1165169.8元的特许权使用费落实在具体进口料件上进行征税成为新的问题.
海关研究得出的方法是：首先调取该企业在协议期间发生的、与所支付的特许权使用费有关的所有内销成品信息,然后将内销成品按单耗折算成对应的加工贸易进口料件,再对这些料件的金额进行汇总和排序,最后选出占总金额比例最高的一项料件作为征税客体.按照该方法生成了以下报关单：贸易方式为“后续补税”,备注栏为“特许权使用费补税”,商品名称为“基站隔离器基板,组装隔离器”,商品编码为“85439040”,总价为“1165169.8元”.由于该商品对应的关税率为0,增值税率为17％,因此,总计为1165169.8元的特许权使用费最终需向海关缴纳198078.9元的增值税.同时,海关还要求该企业对今后发生的特许权使用费应按年度自行申报.