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在6000年前美索不达米亚的尤尔地区,苏美尔文明盛极一时.苏美尔医学是我们所知的最古老的医学,其基础是占星术.因为苏美尔人相信,人从一生下来就得服从于星相昭示的命运,他们试图阐明星际运行和季节更替之间的关系,以及季节的转变和人类身体的失调有着怎样的关系.
考古学家在美索不达米亚发现了许多粘土碑,碑文是神职人员撰写的医学文章.他们认为血是生命机能的源泉,肝脏作为血液的汇集中心而成为生命的大本营.正是这个原因,古代英雄们在即将进行大事活动时,都要用动物的肝脏来占卜吉凶.这种概念更增强了这样一种说法：生命的延续依靠服用滋养品维持血液更新.
苏美尔文明在公元前2000年逐渐衰落,后被征服了美索不达米亚的亚述人和巴比伦人吸收过来,成为古代世界文明的中心.他们建立了以国王为中心的政治系统,国王宣称他是天神与黎民之间的代言人.在苏美尔时代就很重要的天文学家和占星学家,在此时变得尤为重要.因为发现神的旨意以便让国王执行是非常关键的.
很多其他的疾病被人们所知,如不同种类的发热、中风和瘟疫,一些粘土碑上还描述了眼、耳、皮肤和心脏的疾病,以及风湿病和大量的性病.牙痛被认为是由于一种虫子啃噬所致,直到18世纪之前,这种说法在欧洲都是很流行的定论.这些病魔由天上的主神释放出来,以惩罚一个人或一个国家犯下的罪恶.当这种情况出现时,巫医们立即介入,以发现导致这种状况的问题所在,并举行相应的驱魔和救赎仪式.
亚述和巴比伦的医学是宗教巫师的特权,他们向天神负责；而普通医生则是局外人,对他们做的手术的成功与否负责.汉谟拉比(前1948——前1950)是一位伟大的国王,他在历史上首次界定了职业的划分系统和犯罪的定义范围,现在法国的罗浮宫还收藏着铭记他的《法典》的石柱.关于医生因不能胜任或疏忽导致的不良后果,一些法令还制定了不同比例的罚金和惩罚措施.
例如,法典第215条规定：如果医生做一项较大的手术或治疗眼病时,他应能收到10枚银币.如果病人是一个自由人,他应付5枚银币,如果是个奴隶,他的主人应代他付2每银币.但如果病人因为手术死亡或失明,那么医生的双手就会被砍掉.
公元前2000年,伟大的汉谟拉比王统治时期,巫医是对神祗负责的,而普通医生则只对俗众和统治阶层服务.
尽管亚述和巴比伦的医生是在巫术的基础上建立了医学理论,但他们仍花费很大的精力观察自然,以不断提高医术水平.举例来说,对于眼部疾患,他们开出的处方是一杯啤酒和洋葱片,这确实很对,因为洋葱可以刺激眼泪生成,而眼泪中含有一种有机成分——同功酶.然后,医生会用橄榄油按摩眼部.但最后还要加上一种对付恶灵的仪式：用混合着青蛙胆汁和酸奶的汁液涂敷在眼上.医生们会开出多种多样的药方来治疗各种疾病,其中有：水果、花、叶子、根茎和诸如橄榄、月桂、水仙、水莲、桃金娘等植物的外皮；还有驯养和野生动物的各种脏器,一些矿物质,如铜、铁、铝.另外,一些动物的排泄物也大有用处,这在原始人类中应用得很普遍,可能用来驱魔,使病人摆脱病痛,即使是在200年前的欧洲也是这样来做的.
亚述医生把药做成丸剂、粉剂和灌肠剂,甚至也有栓剂和肛门栓剂.医生把装有药物、绷带和医疗工具的箱子带在身边,如果有了新的发明,经过讨论商议,就会把它记录在粘土碑上.
粘土碑上记录的症状很引人关注.一个典型的例子就是关于肺结核的：“病人多咳,痰中带血,呼吸听起来像笛鸣,皮肤湿冷,但脚是热的,多汗,心跳剧烈等”
巴比伦的许多挖凿遗址再现了巨大的石板排水沟,这可能是排污系统的一部分,这些遗址以及早期的地中海文明遗址都发现过石块搭制的厕所.这些原始的设施显示社会文明对健康负责的逐步发展的认识状况.