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随着新《企业所得税法》的颁布及实施,“以法人为单位对企业所得课税,非法人资格的分公司由总公司汇总纳税”的汇总纳税制度逐步确立.在具体应用中,首先要了解相关的税收政策,以政策来指导实际工作：
一、与总分机构汇总纳税、弥补亏损有关的税收政策
（一）《中华人民共和国企业所得税法》第五十条居民企业在中国境内设立不具有法人资格的营业机构的,应当汇总计算并缴纳企业所得税.
（二）《中华人民共和国企业所得税法实施条例》第一百二十五条企业汇总计算并缴纳企业所得税时,应当统一核算应纳税所得额,具体办法由国务院财政、税务主管部门另行制定.
（三）居民企业在中国境外设立不具有法人资格营业机构的,企业计算有关分期预缴企业所得税时,其实际利润额、应纳税额及分摊因素数额,均不包括其在中国境外设立的营业机构.
（四）总机构和分支机构2007年及以前年度按独立纳税人计缴所得税尚未弥补完的亏损,允许在法定剩余年限内继续弥补.
二、深刻理解统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库的含义及适用对象
（一）统一计算,是指企业总机构统一计算包括企业所属各个不具有法人资格的营业机构、场所在内的全部应纳税所得额、应纳税额.
（二）分级管理,是指总机构、分支机构所在地的主管税务机关都有对当地机构进行企业所得税管理的责任,总机构和分支机构应分别接受机构所在地主管税务机关的管理.
（三）就地预缴,是指总机构、分支机构应按规定,分月或分季分别向所在地主管税务机关申报预缴企业所得税.
这里需要注意的是,在实际工作中当总机构设立具有独立生产经营职能部门,且具有独立生产经营职能部门的经营收入、职工工资和资产总额与管理职能部门分开核算的,可将具有独立生产经营职能的部门视同一个分支机构,就地预缴企业所得税.具有独立生产经营职能部门与管理职能部门的经营收入、职工工资和资产总额不能分开核算的,具有独立生产经营职能的部门不得视同一个分支机构,不就地预缴企业所得税.
（四）汇总清算,是指在年度终了后,总机构负责进行企业所得税的年度汇算清缴,统一计算企业的年度应纳所得税额,抵减总机构、分支机构当年已就地分期预缴的企业所得税款后,多退少补税款.
（五）财政调库,是指财政部定期将缴入国库的跨地区总分机构企业所得税待分配收入,按照核定的系数调整至地方金库.
三、总分机构汇总纳税在实际工作中的具体应用
(一)到所在地税务机关办理企业基本信息的登记认定
企业在实际工作中,如果有总公司（具有法人资格）及下属的不具备法人资格的分支机构存在,应首先到税务机关办理总分机构基本信息的税务认定,接受所在地税务机关的监督和管理.
总机构应当将其所有二级分支机构（包括不参与就地预缴分支机构）的信息及二级分支机构主管税务机关的邮编、地址报主管税务机关备案.
分支机构（含二级以下分支机构）应将总机构信息、上级机构、下属分支机构信息报主管税务机关备案.需要注意的是,分支机构在注销后15日内,总机构应将分支机构注销情况报主管税务机关备案.
(二)及时、准确地填报相关资料及报送审批
总机构应于每年年初和6月20日前,将依据规定方法计算确定的各分支机构当年应分摊税款的比例,分两次填写《中华人民共和国企业所得税汇总纳税分支机构分配表》（1-6月份按上上年度数据,7-12月份按上年度数据）,并将该表、财务会计决算报表和职工工资总额情况表（填表中注意总分支机构的经营收入、职工工资总额和资产总额的数据均以企业财务会计决算报告数据为准）,报送至总机构所在地主管税务机关,同时下发各分支机构,再由各分支机构报送至所在地税务机关,接受其监督和管理.
(三)税款预缴及分摊方法
1、预缴方式
（1）按照当期实际利润额预缴.
企业应根据当期实际利润额,按照规定的预缴分摊方法计算总机构和分支机构的企业所得税预缴额,分别由总机构和分支机构分月或者分季就地预缴.
（2）按照上一年度应纳税所得额的1/12或1/4预缴的税款分摊方法.在规定期限内按实际利润额预缴有困难的,经总机构所在地主管税务机关认可,可以按照上一年度应纳税所得额的1/12或1/4,由总机构、分支机构就地预缴企业所得税.预缴方式一经确定,当年度不得变更.
2、按照当期实际利润额预缴的税款分摊方法
（1）分支机构
总机构按照以前年度各省市(包括同一省市)分支机构的经营收入、职工工资和资产总额三个因素,将统一计算的企业当期应纳税额的50%在各分支机构之间进行分摊,各分支机构根据分摊税款就地办理缴库.分摊时三个因素权重依次为0.35、0.35和0.30.
当年新设立的分支机构从新设立的第二年起参与分摊；上年度认定为小型微利企业的,其分支机构不就地预缴企业所得税；撤销的分支机构,撤销当年剩余期限内应分摊的企业所得税款由总机构缴入国库.撤销的分支机构从撤销第二年起不参与分摊,不再缴纳所得税.
各分支机构分摊预缴额＝所有分支机构应分摊的预缴总额×该分支机构分摊比例
其中：
所有分支机构应分摊的预缴总额＝统一计算的企业当期应纳税额×50%
该分支机构分摊比例＝（该分支机构经营收入／各分支机构经营收入总额）×0.35+（该分支机构职工工资／各分支机构职工工资总额）×0.35+（该分支机构资产总额／各分支机构资产总额之和）×0.30
分支机构经营收入,是指分支机构在销售商品或者提供劳务等经营业务中实现的全部营业收入.
分支机构职工工资,是指分支机构为获得职工提供的服务而给予职工的各种形式的报酬.
分支机构资产总额,是指分支机构拥有或者控制的除无形资产外能以货币计量的经济资源总额.
（2）总机构
总机构和分支机构应分期预缴的企业所得税,50%在各分支机构间分摊预缴,50%由总机构预缴.总机构预缴的部分,其中25%就地入库,25%预缴入国库.总分机构均应在每月或季度终了之日起15日内,就其分摊的所得税额向所在地主管税务机关申报预缴.
(四)年终弥补亏损备案及汇算清缴工作
年终,总机构应在汇算清缴前聘请有资质的税务师事务所出具企业所得税汇算清缴备案报告（包括总公司、分公司及汇总的报告）,如果企业有以前年度亏损的,按照政策规定：企业还要聘请有资质的税务师事务所出具企业所得税税前弥补亏损年度鉴证报告,并报至当地的税务局经备案后才可以汇算清缴并弥补亏损,特别提醒企业未经备案自行弥补无效.
在年度终了后5个月内,总机构负责进行企业所得税的年度汇算清缴,统一计算企业的年度应纳所得税额,抵减总机构、分支机构当年已就地分期预缴的企业所得税款及以前年度尚未弥补完的亏损后,多退少补税款.各分支机构不进行企业所得税汇算清缴.企业当年应补缴的所得税款,由总机构缴入国库.当年多缴的所得税款,由总机构所在地主管税务机关开具"税收收入退还书"等凭证,按规定程序从中央国库办理退库.
假设2010年度某企业及其下属四个分支机构,报表利润分别是-10万,65万,1万,-35万,-45万,汇总报表利润为-24万,但这并不意味着不需要缴纳企业所得税：还要以有资质的税务师事务所鉴证报告为准,如果经鉴证后应纳税所得额分别是6万,40万,-5万,-21万,13万,那么企业鉴证后汇总应纳税所得额为33万,就需要按相应的分配比例缴纳企业所得税；但是如果企业还有以前年度尚未弥补完的亏损100万,那么报当地税务局备案后,获取税务事项通知书准予弥补亏损项目于税前扣除,即扣除33万元,扣除年度为2010年1月1日至2010年12月31日,这样,企业2010年就不需要缴纳企业所得税了,剩余的67万未弥补完的亏损可以在今后的五年内继续弥补.
总之,总分机构汇总纳税强调了“法人税制”,对于处于不同地区、利润不均衡的非法人单位来说,无疑是件好事,同时,也说明我国的税制改革也在进一步与国际接轨.