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DmitrijFrishman
ModernGenomeAnnotation
2009,490pp.
Hardcover
ISBN9783211751220
DmitrijFrishman著
基因组工程第一次成功地揭开了生命的蓝图.在距DNA三维结构发现仅仅50年的今天,我们可以在短短几天的时间内就完成一株细菌的全基因组测序工作.随着新测序技术的快速发展,基因组测序工作变得越来越简单、廉价,每天都会有大量的序列信息被公布.如此大量的序列信息,为我们揭开生命的奥秘提供了契机.但是,这些基因组中序列究竟是如何在生命过程中发挥作用的它们发挥作用的机制是什么这就需要进行大量的基因组注释工作,来最终诠释生命过程的发生机制.基因组注释工作,简而言之就是定义生物分子在生命过程中的作用.基因组注释工作使基因组序列信息与具体的生物过程相连接,是生命科学发展过程中必不可少的一个重要环节.本书针对现代基因组注释工作中的核心问题,进行了全面的讲述.
本书共包括8个部分.1.基因的定义.1.1.真核生物基因预测的现状,1.2.基因预测的质量控制.2.基因调节和表达.2.1.对基因组序列中顺式作用元件预测质量的评价,2.2.一个处理大量蛋白质和DNA结合的数据的生物物理学方法,2.3.从基因表达谱到基因调节.3.注释和遗传学.3.1.注释,遗传学和转录物组学.4.蛋白质的功能注释.4.1.功能注释的可用资源,4.2.细菌基因组的注释,4.3.基因组注释中的数据挖掘,4.4.现代基因组注释:BioSapiens网络,4.5.结构到功能,4.6.收获从蛋白家族得到的信息.5.蛋白质结构预测.5.1.球形蛋白的结果预测,5.2.从序列到三维结构,膜蛋白结构预测的现状.6.蛋白复合体、通路和网络.6.1.代谢网络的计算机分析,6.2.对蛋白质之间相互作用的分析和预测.7.分布式蛋白质注释的基础工具.8.应用.8.1.病毒的生物信息学,8.2.ENCODE补体蛋白的可变剪接.
本书的编排结构是按照BioSapiens网络的工作思路安排的.BioSapiens网络是一个汇聚优秀人才的网络.它是由欧盟第六次框架计划资助,由来自全欧洲14个国家的25个研究机构的生物信息学家组成.
本书的两位作者,DmitrijFrishman和AlfonsoAalencia分别来自德国环境健康研究中心和西班牙国家癌症研究中心.BioSapiens网络的成立是为了促进生物信息学资源的发展,为实现基因组数据的自动化、可靠性和分布式注释做出了很大的贡献.
本书提供了具体的科研工作实例,便于读者直观地了解基因组注释工作的过程,是一本优秀的书籍,非常适合于从事基因组注释工作的研究人员、研究生和本科生参考和阅读.
刘科科,
博士生
(中国科学院微生物研究所)
LiuKeke,DoctoralCandidate
(InstituteofMicrobiology,CAS)